Jaskinia o długości ok. 155 m położona jest niedaleko miejscowości Smoleń, w gminie Wolbram. Najprostsza droga do Zegarowych Skał wiedzie drogą położoną wzdłuż Doliny Wodącej, aż do ostatniego zabudowania przysiółka Podlesie. W tym miejscu należy skręcić w lewo i miedzą między polami podejść pod skały. Trzy otwory wejściowe znajdują się u podstawy skałek leżących najniżej na północnym zboczu i są rozrzucone w skałach na długości 25 metrów.
Od głównego (zachodniego) otworu, długi i dość wysoki korytarz prowadzi do bardzo obszernej (długość ok 20 m) komory w kształcie tunelu. W miejscu, w którym korytarz wejściowy łączy się z komorą znajduje się głęboki lej w namulisku.
Korytarz wejściowy rozwinął się na pojedynczej szczelinie wyraźnie widocznej w stropie. Szczelina ta jest ustawiona prostopadle do komory, która rozwija się w prawą (zachodnią) stronę. W stropie komory widać dwa główne pęknięcia tektoniczne biegnące niemal równolegle do siebie przez całą długość komory. Obok głównych szczelin w komorze można jeszcze zaobserwować pęknięcia niższej rangi krzyżujące się z głównymi. Przebieg szczelin nie we wszystkich miejscach jest czytelny ze względu na nacieki pokrywające strop. W miejscach gdzie szczeliny krzyżują się, strop komory jest wyraźnie wyższy. Największą wysokość osiąga komora w miejscu przecięcia szczeliny korytarza wejściowego ze szczelinami komory. W miejscu tym powstał skalny dzwon o wysokości około 8 m. Aby przejść do końca komory trzeba z korytarza wejściowego skręcić w prawo i wejść na stromą, gliniastą skarpę o wysokości prawie 3 m. Za skarpą dno opada łagodnie aż do miejsca gdzie zaczynają się dwa krótkie i ślepe, równoległe do siebie korytarzyki. Przed wejściem do lewego korytarzyka w stropie komory znajduje się komin o wysokości około 6 m rozwinięty na tej samej szczelinie co korytarzyk.
U podstawy południowej ściany komory znajduje się dość głęboka kieszeń w namulisku, prawdopodobnie pozostałość po poszukiwaczach skarbów.
Skręcając z korytarza wejściowego w lewo natkniemy się na wschodnią ścianę komory, w której również znajdują się dwie szczeliny. Lewa, niedostępna jest widoczna na długości kilku metrów.
Na prawej szczelinie rozwinął się niski, lecz dosyć szeroki, meandrujący korytarz o długości kilkudziesięciu metrów, kończący się drugim, wschodnim otworem. Korytarz miejscami jest bardzo niski a miejscami na tyle wysoki, że można się wyprostować. W jego stropie pojawiają się nawet kominy. Korytarz powstał na kilku przecinających się pod różnym kątem szczelinach, które nie zawsze są widoczne w stropie. Kilka metrów od wejścia do korytarza (od strony komory) znajduje się rozszerzenie – rodzaj salki a w jej lewej ścianie szczelina z zaciskiem, za którym rozpoczyna się wyjątkowo ciasny i kręty korytarzyk kończący się trzecim, środkowym otworem. Otwór ten jest nazywany drzwiczkami od pieca. Korytarzyk ma długość niemal 60 m. Środkowy otwór wychodzi w obszernej niszy o długości około 11m, która do czasu pierwszego przejścia korytarzyka, była opisywana jako osobne schronisko o nazwie Schronisko przy Jaskini Zegar. Po sforsowaniu ciasnego korytarzyka, schronisko stało się częścią Jaskini Zegar.
Jaskinia powstała w wapieniach skalistych górnej jury. Szata naciekowa jest bardzo mocno zniszczona tym nie mniej to co pozostało może jeszcze budzić podziw. W jaskini znajduje się bardzo duża ilość nacieków mleka wapiennego w postaci polew. Najpiękniejsze z nich znajdują się na wschodniej ścianie komory głównej w miejscu gdzie korytarz wejściowy łączy się z komorą (po lewej stronie). Polewa ta posiada intensywnie białą barwę, która niezwykle silnie kontrastuje z pozostałą częścią ścian jaskini. Ściany komory są bardzo ciemne, miejscami wręcz czarne od sadzy łuczyw używanych kiedyś do oświetlania wnętrza. Być może część ciemnego zabarwienia pochodzi z materiału humusowego namywanego przez szczeliny z powierzchni, ale ta hipoteza wymaga jeszcze potwierdzenia. Niemal cała powierzchnia stropu i ścian jest pokryta naciekami w formie polew, żeber, bulastych zgrubień. Większość z nich jest kalcytowa lecz część to skrystalizowane mleko wapienne.
Na postawie: [http://www.sktj.pl/epimenides/jura/zegar_p.html],
[http://www.jaskiniejury.pl/lista-jaskin/jaskinie-wyzyny-krakowsko-czestochowskiej/134-zegar-155-metrow],
[Państwowy Instytut Geologiczny – Portal „Jaskinie Polski”]
